1.种业面临“卡脖子”瓶颈制约。菌种是食用菌产业的命脉和核心竞争力。重庆市食用菌除羊肚菌因野生羊肚菌种质资源丰富可自主驯化满足生产用种需求以外，其余菌种均依靠外调，这是最大的短板，存在风险较大。工厂化生产食用菌的菌种大部分依赖进口，再进行菌种扩繁；菌种在扩繁过程中受环境变化、杂菌和病毒侵染、超额度增加培养次数和面积等因素影响，易发生变异，导致出现品种退化、菌种老化、杂菌污染等问题，加之菌种扩繁技术不过关，造成菌种成本高，良种无法实现良繁。
2.技术支撑能力弱。重庆市食用菌科研基础薄弱。重庆市从事食用菌研究的科研人员仅20余人，分布在重庆师范大学、重庆市农业科学院等大专院校、科研院所，仅相当于四川省食用菌研究所科研人员的三分之一。在科研人员中，既缺乏国家级的有影响力的专家，也缺乏一线的专业技术人员，无力支撑食用菌产业发展。在基础研究方面，也仅停留在应用层面。重庆市农业农村系统技术推广单位严重缺乏食用菌专业技术人才，无力支撑食用菌产业技术指导工作。万盛经开区拟在全区8个镇20个村布局食用菌产业（全区共56个村），将食用菌产业打造成为全区的特色主导产业，但全区尚无一名食用菌专业技术人员。市场主体的专业技术人员也出现严重“断层”现象，后继乏人。
3.精深加工薄弱，带动能力不强。重庆市100余家食用菌加工主体，大多为烘烤、包装等初加工企业，自动化程度不高。从事以食用菌为原料的食品加工企业不仅数量少（重庆市仅2家），年收购食用菌原料仅1300余吨，且多来自四川、湖北等地，对食用菌产业发展的带动能力十分有限。另一方面，重庆市羊肚菌和永川、万盛、渝北等工厂化生产的食用菌产生大量菇根、次品菇，本可作为食品精深加工原料，提高附加值，但因缺乏加工企业，目前仅作为饲料原料或干脆作为废弃物丢弃，造成资源浪费甚至污染环境。
4.联农带农益农机制尚未形成，农民参与度低。重庆市食用菌生产，绝大多数由市场主体负责种植、加工、销售，未形成专业化分工格局和联农带农益农机制，农民参与度极低，一般仅能从食用菌产业发展中得到土地租金和务工收入，无法分享食用菌产业发展的成果和利益。年产金针菇5万吨、实现年产值4.2亿元的重庆华绿生物有限公司，因其自动化、智能化程度较高，当地农民每年仅能从中分享务工工资收入1800万元，仅占其产值的0.43%。黔江区2017年即出台了食用菌奖励政策，但由于发展产业需要一定的资金投入，且需要技术，奖励政策也只吸引了部分业主，农民仍未真正参与食用菌产业发展，分享到产业发展红利。
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